Podplukovník John Sheppard (dříve major) se k expedici Atlantis připojil náhodou, když vezl Generála O'Neilla na Antickou základnu na Antarktidě.Zjistil, že má velice vzácný ATA gen, který mu umožňuje využívat Antické technologie.Dr. Weirová si jej tedy vyžádá a on vyráží s expedicí obydlet Atlantis.Po smrti Plukovníka Summera se na Atlantis stává vojenským velitelem a je povýšen na Podplukovníka, aby mohl tuto funkci dále zastávat.Je to výborný bojový pilot, který má na Atlantis nejsilnější ATA gen.Jednou se mu přisál na krk Eraturský brouk, který z Johna vysával jeho životní energii.John zde byl na prahu smrti.Velice si rozumí s Elizabeth, která vede expedici a mnohokrát dává na jeho rady.John byl také na 8 měsíců uvězněn v antickém zařízení, kde plynul čas několikanásobně rychleji. Dokonce byl nakažen retrovirem, který začal pomalu měnit jeho DNA, ale tento proces se nakonec podařilo zvrátit. John Sheppard někdy nedůvěřuje velení dr. Weirové a jedná na vlastní pěst. Dokonce si pojmenoval antickou loď z GateShip (McKayův název) na Puddle Jumper. Je neobyčejně chytrý a vynikající pilot. Mnohokrát nasadil svůj život, aby zachránil nejen členy svého týmu, ale i životy ostatních.

Pár fotek: